In 1999 gaan de gevechten in de DRC, ondanks een staakt-het- vuren, gewoon door. De VN zendt dan blauwhelmen (de MONUC) om toe te zien op de naleving van het akkoord. De Congolese bevolking komt, soms met geweld, in opstand tegen de inertie van de MONUC.

In 2001 wordt Laurent- Désiré Kabila vermoord door een van zijn lijfwachten. Zijn zoon, Joseph Kabila, volgt hem op.

In 2002 leidt de 'inter-Congolese' dialoog tot de ondertekening van een akkoord tussen de Congolese regering en de belangrijkste rebellengroepen. Een vredesakkoord tussen Congo en Rwanda zet officieel een punt achter de oorlog: de regering en de rebellen aanvaarden de macht te delen in een overgangsregering die de verkiezingen moet voorbereiden.

In 2005 stemmen de kiezers en het parlement over een nieuwe grondwet die voorziet in de decentralisatie van het land.

In 2006 vinden voor de derde keer nationale democratische verkiezingen plaats in Congo. Het is de eerste keer dat ook vrouwen mogen stemmen. Net als in 1960 neemt een groot aantal partijen deel aan de verkiezingen. 70% van de kiezers gaat stemmen. De verkiezingsresultaten tonen duidelijk de verschillen tussen het oosten en westen van het land:

Joseph Kabila wint de verkiezingen in het oosten, in de door de oorlog ergst getroffen regio’s, terwijl het westen van het land voornamelijk voor Jean-Pierre Bemba stemt, een voormalige rebel en vicepresident. Joseph Kabila wint de verkiezingen.