En 1999, malgré un accord de cessez-le-feu, les combats continuent en RDC ; L'ONU envoie alors des Casques bleus (la MONUC) pour faire respecter l'accord. La population congolaise s'insurge – parfois de manière violente – contre l'inaction de la MONUC.

En 2001, Laurent-Désiré Kabila est assassiné à Kinshasa par un de ses gardes du corps ; son fils, Joseph Kabila, lui succède.

En 2002, le dialogue « inter-congolais » conduit à la signature d'un accord entre le gouvernement congolais et les principaux groupes rebelles. Un accord de paix entre le Congo et le Rwanda met officiellement fin à la guerre : le gouvernement et les rebelles acceptent de partager le pouvoir dans un gouvernement de transition qui doit préparer les élections.

En 2005, le parlement et l'électorat votent la nouvelle constitution qui prévoit la décentralisation du pays.

En 2006, pour la troisième fois, des élections démocratiques à l'échelle nationale ont lieu au Congo. C'est la première fois que les femmes votent. Comme en 1960, un grand nombre de partis se présentent. 70 % des électeurs iront voter. Les résultats des élections montrent le clivage entre l'est et l'ouest du pays : Joseph Kabila remporte les élections à l'est, dans les régions touchées par la guerre, alors que l'ouest du pays vote majoritairement pour Jean-Pierre Bemba, ancien rebelle et vice-président. Joseph Kabila gagne les élections.