La mutinerie de la Force publique

Le 4 juillet 1960, les militaires du camps Léopold, dans la capitale, et ceux de Thysville signent une pétition pour l'africanisation des cadres de la Force publique. Le lendemain ont lieu les premières mutineries, orientées contre Lumumba et le commandant de la Force publique, le général Janssens. Ce dernier avait écrit : « Après l'indépendance = avant l'indépendance ». Malgré les concessions de Lumumba, les mutineries se répandent ; les militaires en rébellion se tournent bientôt contre les civils belges, qui quittent massivement le pays. Après l'intervention des troupes belges, Lumumba et Kasavubu demandent une intervention armée de l'ONU et les Casques bleus viennent relever les troupes belges.

Les sécessions : le Katanga et le Sud-Kasaï

Le 11 juillet 1960, Moïse Tshombe, président de la CONAKAT, proclame la sécession de la province industrielle du Katanga, avec le support de la Belgique. Le 8 août 1960, Albert Kalonji du MNC- Kalonji proclame à son tour d'abord l'État autonome, puis le Royaume fédéral  du  Sud-Kasaï,  là où se situent les mines de diamants. Alors que l'ONU exige que la Belgique retire ses troupes, elle s'abstient d'abord de toute intervention dans ce qu'elle considère comme relevant de la politique congolaise interne. Le gouvernement congolais demande alors l'intervention de l'Union soviétique. La crise prend une portée internationale, elle mènera à l'assassinat de Lumumba.

L'assassinat de Patrice Lumumba

Lumumba se fait des ennemis partout : unioniste, il s'oppose aux pouvoirs occidentaux, dont la Belgique, qui, pour garder le contrôle sur les ressources économiques du pays, préfèrent un Congo confédéral et des provinces relativement autonomes. Taxé de communisme, il est désavoué par des membres de son propre gouvernement et par le gouvernement katangais. Joseph Kasavubu n'a qu'un rôle protocolaire : au niveau national, le pouvoir politique est en réalité détenu par le groupe de Binza – un groupuscule informel, non structuré, qui s'oppose à Lumumba. On y trouve Joseph-Désiré Mobutu, ancien secrétaire de Lumumba, Mario Cardoso et Justin Bomboko ; tous trois étaient présents à la Table ronde économique de 1960 à Bruxelles. 67 jours après son arrivée au pouvoir, Lumumba est destitué par Kasavubu et placé en résidence surveillée. Il tente de s'échapper, mais est capturé par des soldats fidèles à Mobutu. Patrice Lumumba, le ministre Maurice Mpolo et le vice-président du Sénat, Joseph Okito, sont d'abord transférés à Thysville, puis livrés à Tshombe. Le 17 janvier 1961, les trois hommes sont assassinés à Élisabethville. Pour les faire disparaître, les corps sont coupés en morceaux, trempés dans l'acide et brûlés. L'assassinat de Lumumba provoque des protestations internationales et la Belgique, en particulier, est accusée d'être responsable de la mort du Premier premier ministre congolais. En 2001, à l'issue de ses travaux, une commission parlementaire belge conclut que le gouvernement belge de l'époque porte en effet une responsabilité morale dans l'assassinat de Lumumba ; le gouvernement présente alors ses excuses au peuple congolais et à la famille de Lumumba.

Les rébellions

En 1961, après une campagne militaire sanglante durant laquelle des milliers de civils sont massacrés, le gouvernement central met fin à la sécession du Sud-Kasaï. En 1963, l'ONU met un terme à celle du Katanga. De 1964 à 1965, une vaste rébellion, principalement organisée contre le pouvoir central par des partis d'inspiration unioniste, embrase le pays. Certains historiens estimeront qu'elle a fait au moins 500 000 morts. Elle démarre au Kwilu sous la conduite de Pierre Mulele, qui fut ministre de Lumumba. D'autres rebelles – dont Christopher Gbenye, le général Olenga, Gaston Soumialot et Laurent-Désiré Kabila, futur président de la République démocratique du Congo – déclenchent à leur tour la rébellion des Simba à l'Est ; Stanleyville tombe sous leur contrôle.

La fin de la rébellion Simba

Les rebelles vont conquérir les trois-quarts du pays. Pour mettre fin à la rébellion, Joseph Kasavubu nomme Moïse Tshombe Premier ministre. Assistée des gendarmes katangais en exil et de mercenaires occidentaux, l'Armée nationale congolaise (ANC) avance sur les Simba, qui commencent à prendre des otages occidentaux à Stanleyville. Tshombe fait appel aux gouvernements belge et américain : des commandos belges, assistés de troupes britanniques et américaines, sont parachutés. Ils libèrent la plupart des otages et évacuent les Européens et les Américains présents à Stanleyville. Aidées par des mercenaires, les forces gouvernementales reprennent le contrôle de la ville et mettent fin à la rébellion.

Les élections de 1965

Joseph Kasavubu reste président pendant la crise congolaise. Après la fin des rébellions, Moïse Tshombe constitue un gouvernement de Salut public qui doit réconcilier les Congolais et pacifier le pays. Une nouvelle constitution de type fédéral autorise le multipartisme et divise le pays en 21 « provincettes » correspondant aux anciens districts de l’époque coloniale. En 1965, le Congo organise des élections législatives. Le droit de vote n’est pas accordé aux femmes, il est toujours limité aux hommes. Après les élections, Joseph Kasavubu remplace Tshombe par Évariste Kimba. Un mois après la nomination de Kimba, le colonel Mobutu renverse le président et le Premier ministre.